《少女爱上姐姐2~二人的ELDER~》故事的时间是发生在前作的三年后，也就是周防院奏跟上冈由佳里毕业的隔年，主人公妃宫千早虽然是个男生，不过却有着比女生更漂亮的外貌及一头银发，在学校因为自己的美貌而遭受到同学的排挤及歧视。久而久之，自身便开始讨厌起男生这种生物，也失去了笑容，甚至拒绝上学。后来在妈妈超给力的帮助之下，被迫转学到圣应女学院就读。